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允英學(xué)術(shù)簡報:AllNGS?碩果累累 | 成功挖掘胸腺上皮腫瘤全新預(yù)后不良標(biāo)志物
發(fā)布時間: 2023-1-12 13:12:39

    胸腺上皮腫瘤(Thymic epithelial tumors,TETs)較為罕見,發(fā)病率約為0.13 / 10萬,但屬于最常見的前縱隔原發(fā)性腫瘤。胸腺上皮瘤病理分型復(fù)雜多樣,根據(jù)WHO世界衛(wèi)生組織病理分型可分為A型、AB型、B1型、B2型、B3型和胸腺癌(TC型)6種亞型,不同亞型的惡性程度迥然而異。因此,亟需從基因水平闡明各亞型異質(zhì)性,以更好的指導(dǎo)患者分層,助力精準(zhǔn)醫(yī)療決策定制。

    允英醫(yī)療聯(lián)合徐州醫(yī)科大學(xué)附屬醫(yī)院為此開展科研攻關(guān),借助于允英自主研發(fā)的DNAplus?高效DNA提取技術(shù)、AllNGS?精準(zhǔn)液相雜交捕獲技術(shù)Panel-315產(chǎn)品,繪制了中國人群胸腺上皮腫瘤的分子特征圖譜,并首次提出NFKBIA是胸腺上皮瘤患者不良預(yù)后的重要標(biāo)志及潛在治療藥物靶點(diǎn)。

    本研究隊列由47名患者構(gòu)成,總計39例胸腺瘤和8例胸腺癌患者被納入研究。入組患者均提供了經(jīng)福爾馬林固定的石蠟包埋組織樣本,并使用AllNGS? Panel-315進(jìn)行了腫瘤發(fā)生、發(fā)展及用藥相關(guān)的315個基因(詳見產(chǎn)品簡介)的全外顯子及部分內(nèi)含子靶向測序。數(shù)據(jù)經(jīng)過濾胚系突變后,共報告了114個基因上的178個突變。最常見的突變類型是錯義突變、移碼突變和無義突變,最常見的突變基因是KMT2C(13%)、SPTA1(11%)、TET2(9%)、KDM6A(9%)和ATM(9%)。值得注意的是,本研究隊列中所有患者均未表現(xiàn)出微衛(wèi)星高度不穩(wěn)定特征,且存在極高比例的C > T轉(zhuǎn)變SNV(55%),這可能是胸腺上皮瘤患者的潛在特征之一。

    

    有趣的是,本研究還發(fā)現(xiàn)胸腺癌患者突變基因數(shù)(7.3)明顯高于A/AB亞型(3.4)和B1-3亞型(2.7)的胸腺瘤患者,且不同亞型的高頻突變基因譜存在較大差異。此外,在腫瘤突變負(fù)荷(TMB)方面,不僅胸腺癌患者TMB明顯高于胸腺瘤患者,男性患者TMB也顯著高于女性。


    為了進(jìn)一步評估檢出突變的臨床意義,本研究在OncoKB等公共數(shù)據(jù)庫中進(jìn)行了對比檢索,結(jié)果發(fā)現(xiàn)了24個基因中的32個驅(qū)動突變,其中最常見的是僅在隊列TC亞型中觀察到的NFKBIA和TP53基因的功能缺失突變。同時,本研究發(fā)現(xiàn)胸腺上皮瘤患者中NFKBIA和TP53的表達(dá)量相對于癌旁組織明顯升高,且不同亞型間表達(dá)量存在異質(zhì)性。值得注意的是,TC亞型中NFKBIA的表達(dá)量明顯高于其他亞型。

    最后,本研究探討了這一分子差異對胸腺上皮瘤患者預(yù)后的指導(dǎo)意義,結(jié)果發(fā)現(xiàn),高TMB患者、高NFKBIA表達(dá)患者以及TP53突變攜帶者的5年生存率較差,是胸腺上皮瘤患者的不良預(yù)后因素。

    綜上,本研究解析了不同亞型的胸腺上皮瘤患者基因組特征圖譜,同時基于不同亞型分子特征挖掘了一系列生物標(biāo)志物并開發(fā)了新型臨床分層管理策略,可應(yīng)用于胸腺上皮瘤患者預(yù)后評估,為患者提供精準(zhǔn)醫(yī)療指導(dǎo),具有明顯的臨床益處。
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